SMA Islam Al-Fajar memiliki visi, misi dan tujuan yang terintegrasi dengan Kurikulum 2013 yaitu mempersiapkan manusia Indonesia agar memiliki kemampuan hidup sebagai pribadi dan warga negara yang beriman, produktif, kreatif, inovatif dan kompetitif serta mampu berkontribusi pada kehidupan bermasyarakat, berbangsa dan bernegara. Hal tersebut bertujuan pada pembentukan karakter yang berkelanjutan. Kompetensi yang diharapkan sesuai dengan tujuan dalam kurikulum 2013 yaitu mengembangkan spiritual, sosial, pengetahuan dan keterampilan dengan pengembangan karakter diiringi perkembangan teknologi tepat guna pada abad 21. SMA Islam Al-Fajar berkomitmen melaksanakan pendidikan yang mengacu pada kurikulum nasional terpadu dengan kurikulum khas Al-Fajar dengan menitikberatkan pada nilai-nilai Agama Islam, Teknologi Informasi dan Komunikasi, serta kurikulum kepemimpinan bela negara dengan pendekatan Students Active Learning atau Students Center berbasis IT. Peserta didik menjadi objek utama dalam pembelajaran sehingga peseta didik dapat mengembangkan dirinya secara maksimal.